土壤消毒是操控土傳病害的重要辦法之一，
土壤消毒是通過向土壤中施用化學農藥，以殺滅其間病菌、線蟲及其它有害生物的現象。一般在作物耕種前進行。除施用化學農藥外，使用干熱或蒸氣也可進行
土壤消毒。
損壞、鈍化、下降或除掉土壤中所有可能導致動植物感染、中毒或不良效應的微生物、污染物質和毒素的辦法和進程。
常用的辦法
輻射消毒
以穿透力和能量極強的射線，如鈷60的γ射線來滅菌消毒。
化學物質消毒
以活性很強的氧化劑或烷化劑，如環氧乙烷、氧化丙烯、甲醛和活性氯等滅菌，消毒后，應使藥劑充沛發出，去除殘毒。
藥劑消毒
在耕種前后將藥劑施入土壤中，意圖是避免種子帶病和土傳病的延伸。
1、噴淋或澆灌法。
將藥劑用清水稀釋成必定濃度，用噴霧器噴淋于土壤表層，或直接灌溉到土壤中，使藥液進入土壤深層，殺死土中病菌。噴淋施藥處理土壤適宜于大田、育苗養分土、草坪更新等。澆灌法施藥適用于果樹、瓜類、茄果類作物的灌溉和各種作物苗床消毒，常用消毒劑有綠亨1號、2號等，防治苗期病害，效果顯著。
2、毒土法。
先將藥劑配成毒土，然后施用。毒土的制造辦法是將農藥（乳油、可濕性粉劑）與具有必定濕度的細土按份額混勻制成。毒土的施用辦法有溝施、穴施和撒施。
3、熏蒸法。
使用土壤注射器或
土壤消毒機將熏蒸劑注入土壤中，于土壤外表蓋上薄膜等覆蓋物，在密閉或半密閉的設備中分散，殺死病菌。土壤熏蒸后，待藥劑充沛發出后才干耕種，不然，簡單發生藥害。常用的土壤熏蒸消毒劑有溴甲烷、甲醛等。此辦法在設備農業中的草莓、西瓜、蔬菜的培養和苗木的苗床、綠洲草坪栽植等方面均有使用。
4、太陽能消毒。
辦法是在溫室或田間作物采收后，連根拔除田間老株，多施有機肥料，然后把地翻平整好，在7～8月份，氣溫達攝氏35度以上時，用通明吸熱薄膜覆蓋好，土溫度可升至攝氏50～60度，密閉15～20天，可殺死土壤中的各種病菌。
這一辦法適合在我國北方地區比年培養草莓、西瓜、花卉的大棚溫室里使用。 蒸汽熱消毒 蒸汽熱消毒土壤，是用蒸汽鍋爐加熱，通過導管把蒸汽熱能送到土壤中，使土壤溫度升高，殺死病原菌，以到達防治土傳病害的意圖。這種消毒辦法要求設備比較復雜，只適合經濟價值較高的作物，并在苗床上小面積施用。
暴曬消毒
暴曬
土壤消毒滅菌，對小花圃及業余花卉培養愛好者來說，是既經濟又便利、且行之有效的消毒滅菌辦法。操作辦法是，于夏日將土壤均勻平鋪在水泥地上或其它硬質地上上暴曬至干透。夏日直射光照下的硬地上溫度可達60℃以上，最高可達75℃，一些病原菌類及土壤中的害蟲的若蟲及成蟲和其它動物的幼體，現已發芽或即將發芽的雜草種子均能被殺死，別的還能使蛞蝓、蝸牛等爆裂，使蚯蚓、蠐蠟、鼠婦、馬陸等干死。
暴曬中如能噴灑一遍50%多茵靈可濕性粉劑，或65%代森鋅可濕性粉劑500～600 倍液，加50%辛硫磷乳油或40%氧化樂果乳油1000倍液，隨噴灑隨翻拌，主導或輔佐殺蟲滅菌則更好。暴曬消毒滅菌適用于所有盆栽花卉的土壤。
